確保流動相潔凈，每隔24-48小時就應新配水相流動相，并同時更換或仔細清洗流動相溶劑瓶，以避免流動相長菌。確保實驗室純水系統工作正常。
確保樣品不含顆粒型雜質。如樣品過臟，或有微粒存在，需要考慮適合的樣品制備方法。在使用樣品過濾器時，確保濾膜為0.22 μm，且與樣品溶劑*兼容（不發生溶解）。也可考慮使用高速離心法去除顆粒性雜質，例如8000 rpm轉速以上離心20分鐘后，移取樣品上清液進樣。
確保樣品溶液與流動相條件兼容，進樣后不會發生沉淀、或溶劑不互溶情況。通常使用流動相或比流動相洗脫強度弱的溶液（即有機溶劑比例較低）溶解或稀釋樣品，這樣可以獲得的峰形和檢測靈敏度。
如系統在線混合生成流動相，預先檢查流動相各組分的兼容性。
通用型反相液相色譜柱的操作使用限度。如果所使用的流動相條件、柱溫、以及樣品溶液條件，不利于色譜柱壽命時，請使用保護柱以延長柱壽命。
在使用流動相進行柱平衡之前，如果流動相中含有可能析出的緩沖鹽，先使用5倍柱體積的有機溶劑-水溶液進行過渡。
在常規分析過程中，每針或間隔若干針清洗柱內可能積累的污染物。完成分析后，*清洗色譜柱，除去柱內緩沖鹽和污染物。
在色譜柱使用過程中，定期進行柱效測試，記錄塔板數與壓力，從而追蹤監控色譜柱的性能變化。柱效測試方法應固定。
通用型反相液相色譜柱應保存于合適的高比例或100%有機相（如乙腈或甲醇）中。如色譜柱使用于高溫或PH條件，或停用色譜柱超過72小時，用100%乙腈保存色譜柱。
使用原配的柱堵頭，確保堵頭擰緊以避免柱內溶劑揮發。取放色譜柱時避免磕碰掉落。
