免疫親和柱在標準的洗脫條件下很難洗脫的抗原一般是由多種化學鍵連接的。將幾種洗脫條件結合使用可以有效克服這些問題。
如果抗原不能用簡單的條件洗脫，更換抗體可能比試用各種條件要容易些。
一般使用過的層析柱比新柱洗脫更容易，所以新柱洗脫一般需要較苛刻的條件才能洗脫抗原。
試用梯度洗脫方法，使抗原的洗脫峰清晰而陡峭。
避免使用二硫蘇糖醇和其他還原劑，因其能破壞抗體重鏈和輕鏈間的鏈間二硫鍵。
值得注意的是當測試不同的洗脫條件時，有些緩沖液雖然不能洗脫抗原，但在其他條件改變后仍可能是有效的洗脫緩沖液。
實際上有些非洗脫緩沖液，可能改變抗原抗體反應的平衡。例如高鹽條件具有疏水作用。應用這些條件可以比較容易地收集抗體基質上的抗原。
